Die Nachrichten über die Kirche zu Cospeda gehen zurück bis ins Jahr 1348. Damals wurde die zuvor noch selbständige Pfarrei an das Michaeliskloster Jena angeschlossen und vom Kloster aus mit einem Messpriester versorgt. Seitdem sind die für diese Kirche zuständigen Pfarrer namentlich bekannt.
Das etwas abseits des Dorfes gelegene Gotteshaus hat eine wechselvolle Geschichte:
- 1639 Neubau nach einem Brand
- 1699 erneuter Neubau nachdem das „alte sich dem Fall neigende Gotteshaus den 16.Januarii abgebrochen“ wurde
Einige Ausstattungsgegenstände sind jedoch älter, wie z.B. die Glocke aus dem 15. Jahrhundert und die Kanzel von 1688.
Die Orgel wurde 1906 von Johann Eifler, Stadtilm, erbaut und verfügt über 10 Register, verteilt auf 2 Manuale und Pedale. Sie ist zur Zeit nicht spielbar.
Die bunten Fenster der Kirche wurden 1898 und 1905 von Cospedaer Familien gestiftet. Sie zeigen die Apostel Petrus, Paulus und Johannes, sowie direkt hinter dem Altar den segnenden Christus.
Der bauliche Zustand der Kirche weist derzeit verschiedene Mängel auf. Seit einigen Jahren bemüht sich die immer größer werdende Kirchgemeinde um die Sanierung und den Erhalt der Kirche.
2004 gründete sich ein Freundeskreis Kirche Cospeda, der sich dem Kirchbauverein Jena angeschlossen hat.
2006 wurden im Zuge der Renovierungsarbeiten auch archäologische Forschungen angestellt. Dabei konnte man feststellen, dass vor dem heutigen Bau bereits im Hochmittelalter eine kleine Saalkirche mit Apsis in Cospeda gestanden hat.
Erwähnenswert ist auch noch eine Population von kleinen Hufeisennasen, einer Fledermausart, die in weiten Teilen Mitteleuropas schon ausgestorben ist. Die Kirche in Cospeda ist die Wochenstube von fast 30 Tieren.